Sağlık Bakanlığı tarafından dizilenen ilk SARS-CoV-2 genomu üzerine Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Derneği'nin yaptığı açıklamayı ilginize sunuyoruz:
1. Türkiye’de elde edilip Sağlık Bakanlığı tarafından dizilenen ilk SARS-CoV-2 genomu yayınlanmıştır. Dizilenen bu genomun dünya üzerinden elde edilmiş diğer SARS-CoV-2 genomları ile ilişkilendirmek ve kökenini belirlemek için evrimsel tarihçe (filogeni) analizi yapılmıştır.
2. Filogenetik analizler Türkiye örneğini daha yüksek bulaşıcı kapasitesi olan L soy hattı içinde Kuveyt, Belarus ve Gürcistan suşları ile birlikte konumlandırmış ve ortadoğu bölgesine özgün mutasyonları taşıması nedeniyle bu örneğin Türkiye’ye ortadoğu üzerinden girmiş olabileceğine işaret etmektedir.
3. Bu ön çalışma Türkiye’de SARS-CoV-2 çeşitliliğinin yüksek olabileceğine işaret etmekte ve Türkiye’nin her bölgesini kapsayan örneklerden bir an önce genetik veri üretilerek, Türkiye’de var olan suşların belirlenmesinin öneminin altını çizmektedir.
Bilim insanları, COVID-19 pandemisine karşı etkin savaşta son derece önemli olan genetik bilgi ve kaynakların üretimi için yoğun bir seferberlik içindedir. Bu amaç doğrultusunda ilk olarak Çin’deki araştırmacılar hızla virüsün genomunu dizilemeyi başarmış ve virüsün dünyada yayılmasıyla beraber, birçok ülke virüs genomunu dizileyerek büyük bir veritabanı oluşmasını sağlamıştır. Virüsler, konak hücreye girdikten sonra ilk olarak kendi genetik bilgilerini çoğaltıp, sayılarını arttırmayı hedefler. Ancak bu süreç içerisinde virüsün genetik materyalinde (genomunda) değişimler meydana gelebilir. Bu değişimler, varyasyon oluşturarak, suş olarak isimlendirilen farklı COVID-19 tiplerinin oluşmasını sağlar. Üretilen genetik verilerin incelenmesiyle, virüsün yayılma örüntüleri ve yayılırken geçirdiği genetik değişimler takip edilebilmektedir.
Türkiye’de bulunan SARS-CoV-2 soylarından birine ait ilk genom bilgisi kısa bir süre önce yayınlanmıştır. Dizilenen bu genom, SARS-CoV-2 virüsünün Türkiye’ye hangi bölge veya bölgelerden giriş yaptığına, Türkiye’de hangi virüs soy hattı/hatları bulunduğuna ve virüsün genetik çeşitliliğine dair önemli bilgiler sunabileceği için dizilenmiş diğer SARS-CoV-2 genomları kullanılarak evrimsel filogenetik analize tabi tutulmuştur. Bu bilgi notunda Türkiye’de elde edilip Sağlık Bakanlığı tarafından dizisi yayınlanan SARS-CoV-2 suşunun ön değerlendirme analizi sunulacaktır.
Bu ön çalışmada, Türkiye’den SARS-CoV-2 suşlarına ilişkin genomik verinin dağılımını doğrudan incelemek üzere GISAID veritabanından (https://www.gisaid.org/) Türkiye, Türkiye’ye yakın Avrupa ve Asya ülkelerinden (İtalya, Estonya, Macaristan, Yunanistan, Gürcistan, Belarus, Kuveyt ve İsrail) ve Çin’den dizilenmiş SARS-CoV-2 genomlarına ait veriler kullanılmıştır. İki farklı filogenetik ağaç oluşturma algoritması ile ön değerlendirme yapılmıştır. Bilgi notunun sonunda yöntemin ayrıntıları bulunmaktadır.
Değerlendirmenin devamını ekoevo.org adresinden okuyabilirsiniz.